让系统更“聪明”
譬如说，现在为了解决群众的看病贵的问题，各级卫生主管部门都责成医院进行单病种医疗费用的限额测算。
但是，对于某些只做到部门级信息管理的医院来说，由于医院信息系统中的医院收费子系统和病案管理子系统是相互独立的，没有通过病人ID号建立起严格的一一对应关系，无法把两者的数据用关联关系直接联系起来。
这就要先从病案管理子系统中查出此病种的病人信息，再通过人工判断到医院收费子系统中找出相应的病人费用数据，才可以得到所需的数据。不光费时费力，而且错漏在所难免，从而影响了信息的真实性。
反之，如果把连接查找命令和限额的测算公式都封装在一个过程中，那么通过调用这个过程，就可以直接得出我们所需要的最终结果，极大地提高了信息的可靠性和可得性。
又譬如，为了规范用药，近一两年来各级医院在管理信息系统中加上了“合理补液和用药审查系统”，以药典为标准，把医院员工的多年经验归纳到这个专家系统中。
在医生开处方下医嘱时就对病人的用药数据进行动态审查，不光提高了效率，还提高了审核的质量。而且医院还可以不断地把员工新发现的经验加到这个系统中来，让它更加“聪明”、更加完善。
从数据管理转变为知识管理
计算机网络在我国医院普及率很高，但使用率却很低，其主要的用途是进行收费、医嘱等一般的简单数据处理，而在院长查询、科研管理、决策以及财务预算等需要对已有的数据进行深层利用得很少。
数据关联利用的实现，不仅要打破医院内部各种“信息孤岛”和“信息烟囱”，实现信息的充分传递应用，更重要的是使信息数据的再加工、再应用的过程反复“循环”，使信息资源在不断的循环利用中得到增值。
目前我国正处于部门级的信息化管理向全医院的信息化管理过渡的阶段，面临的核心问题就是实现医疗信息资源的全面共享。部门级的信息化管理所对应的软件设计着眼于一个部门的任务需求，覆盖全医院的信息化管理不是各种部门级的信息系统的简单叠加，医院的各种信息是相互关联的。
例如，同样是收费，部门信息化时，只要求分清费用种类，得出总体费用，由收费员在收费处根据科室提供的收费单据输入数据，与收款机的功能类似。
而覆盖全医院的信息化管理在收费的同时，还要将各部门的具体工作量落实到仪器设备、人员、科室等，有的还将同步完成一些初步的医疗统计功能。
为此，必须进行基于信息层面的资源整合，将各部门内部的信息流与上下游关联用户的信息需求结合起来，形成全医院统一、通畅的信息流动模式，才能针对不同的信息用户提供有效的信息发布。