HT48R05A-1单片机提供13个双向输入输出口，标号为PA到PC，其分别对应RAM中的[12H]、[14H]、[16H]。所有的I/O口都可作为输入或输出用，就输入而言，这些端口不具备锁存功能，即输入数据必须在“MOV A，[m]”（m=12H、14H、16H）指令的T2上升沿准备好，对输出而言，所有的数据被锁存并保持不变，直到输出锁存器重新被改写。
每个I/O口都有其自己的控制寄存器（PAC、PBC和PCC），用来控制输入/输出的设置。使用控制寄存器，可对CMOS输出或斯密特触发输入在软件下动态地进行改变，要设置为输入功能，相应的控制位必须写“1”。信号源的输入也取绝决于控制寄存器，如果控制寄存器的某位为“1”，那么输入信号是读取自这个引脚（PAD）的状态，但是如果控制寄存器的某位的值为“0”，那么锁存器的内容将会被送到内部总线，后者，可以在“读—修改—写”指令中发生。
对于输出功能，只能设置为CMOS输出。这些控制寄存器是对应于RAM的13H、15H和17H。
芯片复位后这些输入/输出口都会是高电平或浮空状态（取决于是否选择了上拉电阻），每一个输入/输出锁存位都能被SET [m].i或CLR [m].i指令置位或清零，（m=12H、14H和16H）。
某些指令会首先输入数据然后进行输出操作。例如，SET [m].i，CLR [m].i，CPL [m]和CPLA [m]指令，读取输入口的状态到CPU，执行这个操作（位操作），然后将数据写回到锁存器或累加器。
PA的每一个口都具有唤醒系统的功能，PC口的高6位和PB口的高5位在物理上是不存在的，读这些位将返回“0”，而写这些位的结果为无效操作。
所有的I/O口都可以有上拉电阻的选择，一旦选择上拉电阻，所有的I/O口都具有上拉电阻，必须注意的是：没有上拉电阻的I/O口工作在输入模式会产生浮空现象。
PB0和PB1分别与BZ和BZ（非）共享引脚，如果BZ和BZ（非）的选项被选择，PB0和PB1在输出模式时的输出信号将是由定时/计数器的溢出信号产生的PFD信号，在输入模式时，始终保持它的原来功能，一旦BZ和BZ（非）的选项被选择，蜂鸣器的输出信号只受PB0数据寄存器的控制，PB0和PB1的I/O功能如下表所示：
| HT48R05A-1 PB0，PB1的I/O功能 | ||||||||||
| PB0 I/O | I | I | I | I | O | O | O | O | O | O |
| PB0 I/O | I | O | O | O | I | I | I | O | O | O |
| PB0/PB1模式 | X | C | B | B | C | B | B | C | B | B |
| PB0 数据 | X | X | O | 1 | D | 0 | 1 | D0 | O | 1 |
| PB1数据 | X | D | X | X | X | X | X | D1 | X | X |
| PB0 Pad状态 | I | I | I | I | D | 0 | B | D0 | O | B |
| PB1 Pad状态 | 1 | D | 0 | B | 1 | 1 | 1 | D1 | 0 | B |
注：I：输入，O：输出，D、D0，D1：数据 B:蜂鸣器选项，BZ或BZ(非)，X：任意值 C:CMOS输出 PC0，PC1分别是INT和TMR共享引脚。 |
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为了避免在浮空状态下功耗过大，建议将未使用的或没有连结到外部的I/O口由软件指令设置成输出引脚。 掩膜选项 下表示出了这种单片机的各种掩膜选项，为了满足系统的功能，所有的掩膜选项必须正确定义。 |
| HT48R05A-1 掩膜选项 | |
| 编号 | 选项 |
| 1 | WDT时钟源，WDTOSC fTID |
| 2 | WDT允许/禁止：允许/禁止 |
| 3 | LVD允许/禁止：允许/禁止 |
| 4 | CLR WDT指令：一条或两条清除WDT指令 |
| 5 | 系统振荡器：RC或石英晶体 |
| 6 | 上拉电阻（PA-PC）：选择有上拉电组或无上拉电阻 |
| 7 | BZ选项：允许/禁止 |
| 8 | PA0-PA7唤醒功能：允许/禁止 |
| 9 | 锁定：不锁定/锁定 |
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